1. 申請
1) 申請人提出正式申請，向COFCC分中心領(lǐng)取《有機(jī)食品認(rèn)證申請表》（一式二份）、《有機(jī)食品認(rèn)證調(diào)查表》（一式二份）和《有機(jī)食品認(rèn)證書面資料清單》、《有機(jī)食品生產(chǎn)技術(shù)準(zhǔn)則》等文件。
2) 申請人填寫《有機(jī)食品認(rèn)證申請表》、《有機(jī)食品認(rèn)證調(diào)查表》并準(zhǔn)備《有機(jī)食品認(rèn)證書面資料清單》中要求提供的文件。
3)申請人按《有機(jī)食品生產(chǎn)技術(shù)準(zhǔn)則》的要求，建立本企業(yè)的質(zhì)量管理體系、生產(chǎn)操作規(guī)程和質(zhì)量信息追蹤體系。

2. 預(yù)審、審查并制定初步的檢查計劃
1) 分中心對申請人材料進(jìn)行預(yù)審。預(yù)審合格，申請人將有關(guān)材料拷貝給COFCC。
2）COFCC根據(jù)申請人提供的項目情況，估算檢查時間（一般需要2次檢查：生產(chǎn)過程一次、 加工一次）。
3) COFCC根據(jù)檢查時間和認(rèn)證收費管理細(xì)則，制定初步檢查計劃、估算認(rèn)證費用。
4) COFCC綜合審查并做出“何時”進(jìn)行檢查的決定。
5) COFCC向申請者寄發(fā)《受理通知書》、《有機(jī)食品認(rèn)證檢查合同》(簡稱《檢查合同》)，同時通知分中心。
6) 當(dāng)審查不合格，COFCC通知申請人且當(dāng)年不再受理其申請。

3. 簽訂有機(jī)食品認(rèn)證檢查合同
1) 申請人確認(rèn)《受理通知書》后，與COFCC簽訂《檢查合同》。
2) 根據(jù)《檢查合同》的要求，申請人繳納相關(guān)費用的50%，以保證認(rèn)證前期工作的正常開展。
3) 申請人指定內(nèi)部檢查員（生產(chǎn)、加工各1人）配合認(rèn)證工作，并進(jìn)一步準(zhǔn)備相關(guān)材料。

4. 實地檢查評估
1) 全部材料審查合格以后，COFCC確定有資質(zhì)的檢查員進(jìn)行實地檢查。檢查員從COFCC或其分中心處取得申請人相關(guān)資料，依據(jù)《有機(jī)食品生產(chǎn)技術(shù)準(zhǔn)則》的要求，對申請人的質(zhì)量管理體系、生產(chǎn)過程控制體系、追蹤體系以及產(chǎn)地、生產(chǎn)、加工、倉儲、運輸、貿(mào)易等進(jìn)行實地檢查評估。
2) 必要時，檢查員可對水、土、氣及產(chǎn)品抽樣，由檢查員和申請人共同封樣送指定的質(zhì)檢機(jī)構(gòu)檢測。

5. 編寫檢查報告
1) 檢查員完成檢查后，按COFCC要求編寫檢查報告。
2) 檢查員在檢查完成后兩周內(nèi)將檢查報告送達(dá)COFCC。

6. 綜合審查評估意見
1）COFCC根據(jù)申請人提供的申請表、調(diào)查表等相關(guān)材料以及檢查員的檢查報告和相關(guān)檢驗報告等進(jìn)行綜合審查評估，填寫頒證評估表，提出評估意見。
2）COFCC將評估意見報頒證委員會審議。

7. 頒證決議
頒證委員會定期召開頒證委員會工作會議，對申請人的基本情況調(diào)查表、檢查員的檢查報告和認(rèn)證中心的評估意見等材料進(jìn)行全面審查，做出同意頒證、有條件頒證、有機(jī)轉(zhuǎn)換頒證或拒絕頒證的決定。證書有效期為一年。
1) 同意頒證。申請內(nèi)容完全符合有機(jī)食品標(biāo)準(zhǔn)，頒發(fā)有機(jī)食品證書。
2) 有條件頒證。申請內(nèi)容基本符合有機(jī)食品標(biāo)準(zhǔn)，但某些方面尚需改進(jìn)，在申請人書面承諾按要求進(jìn)行改進(jìn)以后，亦可頒發(fā)有機(jī)食品證書。
3) 有機(jī)轉(zhuǎn)換頒證。申請人的基地進(jìn)入轉(zhuǎn)換期一年以上，并繼續(xù)實施有機(jī)轉(zhuǎn)換計劃，頒發(fā)有機(jī)食品轉(zhuǎn)換證書。產(chǎn)品按“轉(zhuǎn)換期有機(jī)食品”銷售。
4) 拒絕頒證。申請內(nèi)容達(dá)不到有機(jī)食品標(biāo)準(zhǔn)要求，頒證委員會拒絕頒證，并說明理由。

8. 頒證
根據(jù)頒證決議和《有機(jī)食品標(biāo)志使用管理規(guī)則》的要求，簽訂《有機(jī)食品標(biāo)志使用許可合同》，并辦理有機(jī)食品標(biāo)志的使用手續(xù)，頒發(fā)有機(jī)食品證書。