具有雙螺旋結(jié)構(gòu)的DNA分子，對(duì)于二條多核苷酸鏈的纏繞的程度等有各種形狀的拓?fù)鋵W(xué)異構(gòu)體。例如將不具裂縫的雙鏈環(huán)狀DNA的一個(gè)鏈切斷，將其一端鉆入未切斷的鏈中，然后再使之與原來(lái)的一端（頭）結(jié)合，則可給DNA分子的整體帶來(lái)扭曲變形，由于將雙鏈DNA進(jìn)一步扭曲而形成超螺旋（參見(jiàn)閉環(huán)DNA），或一側(cè)的鏈卷到另一側(cè)鏈上的方式，使DNA骨架上積累的應(yīng)變能成為最少。此時(shí)，根據(jù)向鏈中鉆進(jìn)的方向（將螺旋反卷的方向或其逆方向）和次數(shù)等，形成高級(jí)結(jié)構(gòu)上的多樣性。這種作為超螺旋DNA（supercoiled DNA）的拓?fù)鋵W(xué)異構(gòu)體，不限于環(huán)狀DNA，在線(xiàn)形DNA上的固定二點(diǎn)間也會(huì)形成，與細(xì)胞內(nèi)的DNA復(fù)制、轉(zhuǎn)錄和重組等過(guò)程有著重要的聯(lián)系。環(huán)狀雙鏈DNA的拓?fù)鋵W(xué)的異構(gòu)體，從幾何學(xué)上可以三個(gè)參數(shù)來(lái)表示。第一為L數(shù)（linking number），表示二條核苷酸鏈組成雙螺旋過(guò)程中的纏繞次數(shù)。B型DNA（參見(jiàn)DNA）每10個(gè)堿基對(duì)L=1，總是整數(shù)。L數(shù)，只要DNA不產(chǎn)生裂縫，不論分子怎樣變形它也不會(huì)改變。第二為T數(shù)（twist number），它表示不限于作為螺旋的纏繞，一個(gè)鏈圍繞另一個(gè)鏈旋卷的次數(shù)，B型DNA其L=T。第三為W數(shù)（writting number）表示超螺旋數(shù)。例如，在雙螺旋發(fā)生反卷之后形成閉環(huán)的DNA，可變成L數(shù)不足的拓?fù)鋵W(xué)異構(gòu)體，使DNA分子扭歪變形，此應(yīng)變能由于整個(gè)分子形成右旋超螺旋而變?yōu)樽钌�，此時(shí)產(chǎn)生的超螺旋的卷數(shù)就是W數(shù)。扭歪變形也由于分子內(nèi)的一個(gè)鏈繞到另一個(gè)鏈而減少的。三個(gè)參數(shù)之間有L=W T的關(guān)系。