像葡萄糖磷酸變位酶、磷酸甘油酸變位酶那樣的一些催化基分子內轉移酶。但其反應機理不一定都是真正分子內轉移。例如對磷酸甘油酸變位酶來說則有催化真正分子內轉移的酶（EC5．4．2．1），以及與之具同樣結果的可將甘油酸-2-磷酸的磷酸基轉移到3位上的分子間轉移的酶（EC2．7．5．3）。此外還有在分子內轉移氨基的氨基變位酶（氨基轉移酶）等。